Revista de Bioquímica y Biología Celular

Abstracto

Una breve nota sobre las estructuras funcionales y proteicas bioquímicas

Stark Johnson

La necesidad de métodos computacionales confiables para determinar la función bioquímica de estas proteínas está creciendo a medida que la determinación de secuencias y estructuras de proteínas a través de la secuenciación del genoma y los esfuerzos de genómica estructural crece exponencialmente. En este artículo se revisan los esfuerzos para abordar el problema de anotar la función de proteínas no caracterizadas a nivel molecular. Las tendencias más recientes en métodos basados ??en la estructura local han recibido menos atención que los métodos basados ??en la secuencia y la estructura tridimensional para la predicción de la función de las proteínas. Esta revisión se centra principalmente en estos métodos basados ??en la estructura local. Las disposiciones espaciales locales de estos residuos se pueden utilizar para identificar la función de las proteínas, y se han desarrollado métodos computacionales para predecir los residuos que son esenciales para la catálisis. Además, para las proteínas sin función conocida, la combinación de una variedad de métodos puede ayudar en la adquisición de datos adicionales y la mejora de las predicciones de la función. Los diversos métodos para predecir la función de proteínas sin función conocida están siendo evaluados y probados por iniciativas globales como la Iniciativa de Función Enzimática (EFI), Puentes Computacionales para Experimentos (COMBREX) y la Evaluación Crítica de Anotaciones de Función (CAFA). Al reducir la cantidad de anotaciones funcionales que faltan o son incorrectas, estas iniciativas y colaboraciones globales agregarán un valor significativo al volumen existente de datos de genómica estructural y mejorarán los métodos computacionales para predecir la función bioquímica [ 1 , 2 ].