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El marcado de proteínas con colorantes fluorescentes ofrece una herramienta poderosa para monitorear las interacciones de proteínas in vitro e in vivo. Para que esta herramienta sea efectiva, primero se debe considerar la naturaleza de los colorantes (propiedades de absorbancia y emisión, estabilidad de la solución, rango de pH y mecanismos para la interacción de proteínas). Se demostró que dos nuevos colorantes asimétricos de escuarilio, bis-SQHN-4d y SQHN-3c, son solo débilmente fluorescentes en tampones acuosos en ausencia de proteínas . Sin embargo, sus espectros mostraron un aumento dramático en la intensidad de fluorescencia al agregar albúmina de suero humano (HSA) o albúmina de suero bovino (BSA) como proteínas modelo. Las propiedades de fluorescencia mejoradas, atribuidas a la unión no covalente, permitieron el uso de los nuevos colorantes de escuarilio como sondas para la detección de bajo nivel de proteínas en una mezcla (incluyendo mioglobina (pI = 7,16), transferrina (pI = 5,9) y HSA (pI = 4,8)), separadas por electroforesis capilar con detección de fluorescencia inducida por láser (CE-LIF). Debido a la baja fluorescencia de fondo de estas sondas, el marcaje en columna fue factible y condujo a una detección de proteínas simple y rápida. Este protocolo de marcaje ofreció una mayor sensibilidad que el protocolo de marcaje pre-columna más convencional (con un límite de detección 10 veces menor para HSA con bis-SQHN-4d). Un límite de detección para HSA (por CE-LIF con marcaje en columna con bis-SQHN-4d) de 3,42 x 10-8 M indica que este colorante es adecuado para el desarrollo de otros ensayos de proteínas .