Revista de genética y mejoramiento vegetal

Abstracto

¿Es posible editar los genomas de las plantas utilizando los algoritmos actuales de predicción de clasificación de gRNA?

Fátima Sheikh

El mejoramiento convencional a menudo requiere décadas para introducir una nueva característica en un cultivo, pero la tecnología de modificación de secuencias genómicas desarrollada recientemente ofrece el potencial de acortar este tiempo. Una de estas técnicas de mejoramiento de vanguardia utiliza CRISPR/Cas9, una nucleasa de ADN dirigida por ARN, para cortar el ADN genómico en organismos vivos, lo que facilita la eliminación o inserción de secuencias. Los ARN guía controlan esta orientación en función de ciertas secuencias (gRNA) [ 1 ]. Pero seleccionar la mejor secuencia de gRNA no está exento de dificultades. Aunque muchas de ellas permiten el uso de genomas de plantas para identificar posibles regiones fuera del objetivo, casi todas las herramientas de diseño de gRNA actuales para su uso en plantas se basan en datos de experimentación con animales. Aquí, analizamos el rendimiento y la consistencia prevista de ocho herramientas de sitios de gRNA en línea diferentes. Lamentablemente, no se encontró una asociación estadísticamente significativa entre las clasificaciones y la efectividad in vivo, ni ningún acuerdo entre las clasificaciones producidas por los diversos
algoritmos. Esto indica que aspectos significativos del rendimiento del gRNA y/o la accesibilidad del sitio objetivo en plantas aún no han sido aclarados ni tomados en cuenta por los algoritmos de predicción del sitio gRNA [ 2 ].