Revista de genética y mejoramiento vegetal

Abstracto

Nivel de diversidad de microsatélites genómicos en el laurel rojo (Perseaborbonia L.) generados mediante secuenciación de Illumina

Chien-Chih Chen1, Yi Xu1, Tao Xu1, Margaret Staton2, Garrick Stott1, Oliver Bukles3, Scott E. Schlarbaum4, John E. Carlson5 y Haiying Liang1

El laurel rojo, Perseaborbonia (L.) Spreng., es un
árbol o arbusto perenne común nativo de los bosques pantanosos de las
llanuras costeras del Atlántico y del Golfo en los Estados Unidos. En la última década,
las poblaciones de laurel rojo han sufrido una gran mortalidad causada por
la enfermedad vascular marchitez del laurel (Raffaelealauricola Eichhoff),
que se ha propagado por el exótico escarabajo ambrosía del laurel rojo
(Xyleborus glabratus Eichhoff). La enfermedad está amenazando las
funciones económicas, ecológicas y estéticas del laurel rojo. Los primeros
esfuerzos para preservar la diversidad genética de la especie amenazada,
a través de la recolección de semillas y propágulos vegetativos, se han realizado
sin el beneficio de la orientación de una caracterización molecular
de la variación genética existente. Los marcadores moleculares pueden resultar útiles
para guiar los esfuerzos de conservación eficientes para esta especie. Aquí
examinamos 51 marcadores de microsatélites genómicos (gSSR) derivados
de la secuenciación del genoma completo de baja cobertura del laurel rojo con un
panel de 25 árboles de laurel rojo no relacionados del este de Carolina del Sur.
Cuando se analizaron en un analizador genético ABI 3730, 24 marcadores
demostraron puntuaciones altamente informativas con un
contenido de información polimórfica de al menos 0,50 y una
frecuencia de alelo nulo estimada ≤0,1. El número medio observado y efectivo de
alelos de estos 24 sSSR fue de 5,29 y 3,06, respectivamente. La
heterocigosidad observada varió de 0,17 a 1,00 con una media
de 0,65, mientras que la heterocigosidad esperada varió de 0,16 a
0,90 con una media de 0,62. La heterocigosidad esperada de Nei y
el índice de información de Shannon fueron 0,60 y 1,17, respectivamente.
Estos resultados indican un alto nivel de diversidad en los 24
marcadores gSSR del laurel rojo. Este es el primer informe de variación genética de
los marcadores de ADN del laurel rojo. Los gSSR que exhiben altos niveles de polimorfismo
se pueden aplicar en la caracterización de la composición genética y
la diversidad de la colección de semillas y los genotipos resistentes en
programas de conservación y mejoramiento de germoplasma del laurel rojo.