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La palma datilera es un importante cultivo frutal que se cultiva principalmente en regiones áridas y semiáridas. Se evaluó el polimorfismo del ADN entre 69 genotipos nativos iraníes seleccionados pertenecientes a seis grupos de origen y 1 genotipo marroquí utilizando 10 cebadores de repetición de secuencia simple (ISSR). Los resultados revelaron una alta variabilidad genética entre los genotipos estudiados. De los 65 loci conocidos, 46 fueron polimórficos. Los valores del contenido de información del polimorfismo (PIC) variaron de (6–30 %) con un promedio de 19,4 %,. Se detectó un alto número de alelos (Na = 1,67), alelos efectivos (Ne = 1,49), índice de información de Shanon (I = 0,40) y loci polimórficos (P = 67,69 %) en la población “Kerman”. Con base en la identidad genética de Nei, cada una de las regiones de las poblaciones “Marruecos”, “Fars” y “Bushehr” se ubicaron en grupos separados, pero el resto de las poblaciones se ubicaron en el mismo. El análisis de la estructura del panel de asociación estudiado reveló la presencia de varias subpoblaciones y no se encontró ninguna conexión entre estas subpoblaciones y su distribución geográfica. Asimismo, la mayoría de los genotipos de palmeras datileras estudiados tienen genotipos mixtos relacionados con su trasfondo genético común. Nuestro hallazgo demostró que los marcadores ISSR podrían reconocer las poblaciones masculinas de palmeras datileras que son importantes en los programas de cruzamiento. Esta investigación aborda un panorama más completo de la variabilidad y la estructura genética de las palmeras datileras de Irán. Este panel estudiado puede aplicar la selección parental para futuros programas de mejoramiento, como diseños de apareamiento y mapeo de poblaciones.