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Las especies de Aloe son comunes en tierras áridas y semiáridas (ASAL) de Kenia y son de importancia económica, especialmente para la producción de goma amarga. Sin embargo, la especie está bajo amenaza ecológica debido a la cosecha insostenible de la naturaleza. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de tres especies indígenas de Aloe explotadas comercialmente: A. secundiflora, A. turkanensis y A. scabrifolia. El estudio se llevó a cabo en quince poblaciones de especies de Aloe en su hábitat silvestre donde se examinó su distribución geográfica y se delinearon las poblaciones. Dentro de cada población, se muestrearon 30 árboles a una distancia de 100 m entre sí, donde se recolectaron tejidos de las hojas para el aislamiento y análisis de ADN utilizando el método modificado de bromuro de cetil trimetil amonio (CTAB). Se utilizaron marcadores de ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD) y repeticiones de secuencia intersimple (ISSR) para determinar la diversidad genética y la estructura de la población. Se seleccionaron diez iniciadores discriminativos RAPD y siete ISSR con el valor más alto de diversidad genética para genotipar tres especies indígenas de Aloe. La similitud genética se realizó utilizando Popgene 1.3.1; el análisis de conglomerados UPGMA jerárquico y el análisis de coordenadas principales se realizaron utilizando Genalex 6.5. Para mapear la estructura genética y los acervos genéticos, se utilizaron los paquetes estadísticos Structure y Structure Harvester. De los resultados, la especie A. secundiflora fue la más distribuida en las ASAL estudiadas. Hubo una alta variación genética entre y dentro de las poblaciones. El uso combinado de ISSR y RAPD reveló altas variaciones entre las poblaciones en comparación con cuando se utilizó cualquiera de ellos por separado. La variación genética fue más alta dentro de las especies secundiflora y menos dentro de las especies turkanensis. La población Maralal secundiflora tuvo la variación genética más alta. El estudio exhibió una estructura genética poblacional con tres conglomerados principales que correspondieron a las tres especies de Aloe con un cruce reproductivo mínimo entre ellas. Por lo tanto, se recomienda realizar estudios biofísicos para determinar las ventajas que tiene A. secundiflora sobre las otras especies. Además, la población de Maralal sec debe conservarse ex situ debido a su alta diversidad genética, mientras que los marcadores ISSR y RAPD deben priorizarse en los estudios genéticos de Aloe, ya que revelan una alta variación.