Revista de investigación de inmunología de las mucosas

Abstracto

Aspectos destacados del análisis de la expresión del genoma completo El adenocarcinoma esofágico y el esófago de Barrett tienen genes de defensa de la mucosa diferentes

Drake J. Nacarow

El adenocarcinoma de esófago (EAC) ha aumentado significativamente en prevalencia mientras que tiene tasas de supervivencia extremadamente bajas en las naciones occidentales. El esófago de Barrett (EB), que se cree que se forma como resultado del reflujo gastroesofágico recurrente, es uno de los principales factores de riesgo para el desarrollo de este cáncer. En este estudio, comparamos los perfiles de expresión de todo el genoma en el ARN total aislado de tejidos de biopsia esofágica de individuos con EAC, EB (en ausencia de EAC) y aquellos con epitelio escamoso normal. Para esto, utilizamos Beadarrays de genoma completo de Illumina. Para analizar las discrepancias significativas de genes y ontología entre estos tres estados tisulares, integramos estos datos con datos brutos disponibles públicamente de tres investigaciones relacionadas. Los hallazgos son consistentes con la hipótesis de que el EB es un tejido con una maquinaria de síntesis de glucoproteínas mejorada (DPP4, ATP2A3 y AGR2) creada para proporcionar defensas mucosas robustas para defenderse del reflujo gastroesofágico. El EAC muestra indicios de una expresión reducida de genes vinculados a las defensas mucosas (MUC6, CA2, TFF1) y xenobióticas (AKR1C2, AKR1B10), además de los efectos acelerados de remodelación de la matriz extracelular (colágenos, IGFBP7, PLAU) esperados en una forma agresiva de cáncer. Los grupos de genes de queratina, mucina, anexina y factor trefoil son las familias de genes expresados ??diferencialmente más comúnmente representadas cuando nuestros datos se comparan con investigaciones anteriores de perfiles de expresión del genoma completo. Al menos tres estudios de perfiles anteriores han incluido al menos uno de los once genes que descubrimos aquí. Empleamos un análisis de validación cruzada de máquina de vectores de soporte con uno fuera (LOOCV) para separar el epitelio escamoso, el EB y el EAC dentro de las dos cohortes más grandes. Aunque este enfoque fue eficaz para diferenciar entre el epitelio escamoso y el EB, destaca la necesidad de una investigación más exhaustiva sobre las diferencias en el perfil del EB y el EAC.