Revista de Bioquímica y Biología Celular

Abstracto

Estructura del ARN en el carcinoma escamocelular del esófago

Lu él

La tumorigénesis es un proceso biológico dinámico de múltiples etapas que implica varios cambios genéticos y epigenéticos, expresión aberrante de ARN no codificante y modificaciones en los perfiles de expresión de genes codificantes. Nos referimos a este grupo de alteraciones del espacio del genoma como el "iniciatomo del cáncer". En el genoma, los ARN no codificantes largos se expresan ampliamente y tienen importantes funciones reguladoras en la remodelación de la cromatina y la regulación génica. Tanto en el desarrollo normal como en condiciones patológicas, como el cáncer, se ha observado heterogeneidad espacial y temporal en la expresión de lncRNA. Aunque se han examinado varios lncRNA desregulados en neoplasias malignas, aún no está claro cómo los lncRNA contribuyen al desarrollo del cáncer, particularmente en el caso del carcinoma de células escamosas de esófago. A partir de ESCC y tejidos normales no cancerosos cercanos coincidentes, realizamos un análisis de todo el genoma para determinar la expresión de lncRNA y ARN codificantes. En comparación con los equivalentes de tejido normal emparejados, descubrimos qué lncRNA y ARN codificantes se expresaban de forma diferente en el carcinoma escamocelular esofágico. Mediante el análisis de la reacción en cadena de la polimerasa, confirmamos la conclusión. Además, descubrimos lncRNA que se expresan de forma diferente en el carcinoma escamocelular esofágico y que se localizan y expresan conjuntamente con ARN codificantes expresados ??de forma diferente. Estos hallazgos sugieren una posible interacción entre los lncRNA y los genes codificantes cercanos que afecta el metabolismo de los lípidos del éter y que esta interacción puede ayudar a desarrollar el carcinoma escamocelular esofágico. Estos hallazgos respaldan firmemente la existencia de un nuevo biomarcador genético potencial del carcinoma escamocelular esofágico.

La minimización de la energía libre, que es difícil de alcanzar en un NP, se utiliza con frecuencia para predecir las estructuras secundarias del ARN con pseudonudos. Durante la transcripción del ADN al ARN, la mayoría de los ARN se pliegan de manera jerárquica, donde las estructuras secundarias emergen antes que las terciarias. Debido a la cinética, la optimización local se utiliza con frecuencia en las estructuras secundarias del ARN real en lugar de la optimización global. Al tener en cuenta los mecanismos de plegado dinámicos y jerárquicos, se puede aumentar la precisión de la predicción de la estructura del ARN. Basado en un examen estadístico de las estructuras secundarias reales del ARN de las 480 secuencias de RNA STRAND, que se verifican mediante RMN o rayos X, este estudio presenta un nuevo informe sobre el plegado del ARN que es consistente con la característica de la media áurea. Con L representando la longitud de la secuencia, las proporciones de longitud de los dominios en estas secuencias son aproximadamente 0,382L, 0,5L, 0,618L y L. Las secciones áureas clave de la secuencia son solo estas ubicaciones. Esta característica permite la construcción de un algoritmo que simula el plegamiento del ARN mediante el plegamiento dinámico de las estructuras del ARN de acuerdo con los puntos de la sección áurea antes mencionados, al mismo tiempo que predice las estructuras jerárquicas del ARN. Los algoritmos Mfold, HotKnots, McQfold, ProbKnot y Lhw-Zhu no pueden igualar la sensibilidad y la cantidad de pseudonudos predichos de nuestro algoritmo. Como resultado de una perspectiva novedosa que se acerca al plegamiento natural, los resultados experimentales siguen las regulaciones del plegamiento del ARN.