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Las interacciones proteína-proteína (PPI) son procesos que se refieren a contactos físicos intencionales que se establecen entre dos o más complejos de proteínas como parte de eventos bioquímicos y/o fuerzas electrostáticas, pero rara vez actúan solas. Las proteínas son macromoléculas vitales, tanto a nivel celular como sistémico. Las interacciones proteína-proteína son interacciones básicas para la estructura y función de los complejos proteicos.
Los efectos mensurables de las interacciones proteína-proteína son: alterar las propiedades cinéticas de las enzimas, que pueden ser el resultado de cambios sutiles en la unión del sustrato o efectos alostéricos; permitir la canalización del sustrato moviendo un sustrato entre dominios o subunidades, dando como resultado en última instancia un producto final previsto; crear un nuevo sitio de unión, típicamente para moléculas efectoras pequeñas; inactivar o destruir una proteína; cambiar la especificidad de una proteína por su sustrato mediante la interacción con diferentes compañeros de unión, por ejemplo, demostrar una nueva función que ninguna proteína puede exhibir por sí sola; desempeñar un papel regulador en un evento upstream o downstream.
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