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El estudio profundo de las comunidades microbianas que habitan los agroecosistemas acuáticos es fundamental para una mejor comprensión de lo que sucede en el suelo, ya que estos microorganismos desempeñan papeles importantes para el mantenimiento del hábitat. El cultivo de arroz irrigado es muy común en Brasil. Sin embargo, el uso incorrecto de estos ambientes puede afectar al suelo y causar daños. La interacción bacterias-suelo-planta ha sido utilizada para apoyar la biotecnología, ya que la rizosfera posee una ecología microbiana diferente del resto del suelo. Los microorganismos de esta región están directamente relacionados con el crecimiento de las plantas. La diversidad bacteriana en el suelo es extremadamente diversa, y su población cambia rápidamente a medida que se hacen disponibles nuevos nutrientes o se agotan los existentes. Las bacterias que viven allí reciben tanto los nutrientes de las plantas como los agentes antimicrobianos, que son selectivos e inhiben ciertos microorganismos indeseables. Con miras a estos datos, este artículo tiene como objetivo revisar la literatura existente sobre la interacción entre los microorganismos y su relación con las plantas, que puede transmitirse a los alimentos a través de minerales y/o enzimas, posibilitando así la generación de insumos o nuevos productos.