Investigación sobre el arroz: acceso abierto

Abstracto

Predicción in silico y análisis funcional de genes sensibles al estrés salino en arroz (Oryza sativa)

Jyotika Bhati, Pavan Chaduvula K, Anil Rai1, Kishore Gaikwad, Soma Marla S y Sanjeev Kumar

El área de cultivo de arroz en suelo afectado por la sal está aumentando a un ritmo muy rápido debido a la insensibilidad hacia el seguimiento de los paquetes y prácticas adecuadas de producción de cultivos para aumentar la productividad del arroz debido a la alta presión demográfica en los países asiáticos. Por lo tanto, es importante identificar genes y sus elementos reguladores para el desarrollo de variedades de arroz tolerantes al estrés salino. Para identificar los genes responsables del estrés salino en el arroz, se extrajeron 7746 etiquetas de secuencia expresadas (EST), expresadas en condiciones de estrés salino, de los diferentes recursos web. Las EST descargadas se agruparon y ensamblaron en 672 contigs. Se obtuvieron funciones biológicas solo para 424 de los 672 contigs a través de Gene Ontology (GO). Los contigs restantes se utilizaron para la reconstrucción, validación y anotación de genes de estrés salino. Estos contigs se mapearon en el genoma del arroz y se diseñaron secuencias de genes de longitud completa. Estos genes candidatos diseñados se validaron aún más mediante a) Integración con loci de rasgos cuantitativos (QTL) relacionados con el estrés salino conocidos en el genoma del arroz y b) Análisis de promotores. En este estudio se identificaron nuevos genes candidatos que pueden tener una posible participación en la regulación del mecanismo de estrés salino y pueden ser útiles en un programa de mejoramiento molecular en arroz para el desarrollo de variedades tolerantes a la sal a través del mejoramiento asistido molecular.