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El diseño de fármacos basado en estructuras es el diseño y optimización de una estructura química con el objetivo de identificar un compuesto adecuado para pruebas clínicas: un fármaco candidato. Se basa en el conocimiento de la estructura tridimensional del fármaco y de cómo su forma y carga hacen que interactúe con su objetivo biológico, provocando en última instancia un efecto médico. El fármaco suele ser una pequeña molécula orgánica que activa o inhibe la función de una biomolécula, como una proteína, lo que a su vez resulta en un beneficio terapéutico para el paciente. El diseño de fármacos o diseño racional de fármacos o simplemente diseño racional, es el proceso inventivo de encontrar nuevos medicamentos basándose en el conocimiento de una diana biológica. El diseño de fármacos implica el diseño de pequeñas moléculas que son complementarias en forma y carga al objetivo biomolecular con el que interactúan y, por lo tanto, se unirán a él.
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